Instalado no Palacio del Almirante, estrutura em estilo plateresco muito carregada, expõe joias, múmias, cerâmicas, armas e tecidos incas, e sobretudo, uma coleção única de 450 vasos de madeira (qeros) com enfeites pintados. Entretanto, mais do que pelos objetos e obras de arte ali reunidos, o interesse do museu está no panorama completo e instrutivo que apresenta da civilização inca, desde suas origens até seu declínio, e até mais adiante.