Parte deste museu está instalada no Palácio dos Condes de Alvor (séc. XVII), a Sul do Bairro da Lapa. As suas coleções de pintura, escultura e artes decorativas do séc. XII a princípios do XIX, estão estreitamente ligadas à história de Portugal: artistas portugueses, pintores europeus que viveram ou passaram por Portugal, objetos provenientes das antigas colónias portuguesas. Citemos a Tentação de Santo António de El Bosco, os retratos dos doze apóstolos, os biombos japoneses, sem esquecer o políptico da Adoração de São Vicente de Nuno Gonçalves.